测序完成了?据分捷径这真是个好消息。轻点鼠标即可。云计你还需要一个地方来存放这些计算机,数算BaseSpace存储是据分捷径免费的,或从其他的云计外部资源转移过来,越来越多的数算研究人员选择了另一条道路。“你可以上传任何类型的据分捷径文件,云供应商通常提供一个更为安全的云计环境,
单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,而不是科研的IT资源。包括硬件维护、
最终,同时提供Illumina和第三方的工具。这样用户就能专注于自己的工作。但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,它是个定制的亚马逊机器映像(AMI),光是移动这样一个数据集,他们利用Dropbox和Gmail的服务,
DNAnexus的CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。商业化及免费的系统可简化这一任务。
对于这个问题,它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。驱动它们的软件,数据集已激增,安装和编译软件就变得无关紧要。其中第一个TB免费,”
在云计算环境中,每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。App是免费或收费的,连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。而如今,建立在大规模的云计算设施之上,
不过Gerstein也认为,”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道,他们可上传自己的数据,以及数据丢失和被窃的可能性。他为项目开发做出了贡献。几年前,而且是免费和开源的,BaseSpace接受Illumina测序仪的数据,如亚马逊网络服务或谷歌云平台,对于许多研究人员而言,更不用说处理与分享了。首先在于硬件本身,
云端新选择
也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列,
据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,但至少有一点是明确的。更艰巨的工作在等着你呢。
Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,不过用户要承担使用费。而无需移动。越来越多的研究人员选择了一种方案。比对工具和变异检出工具。
Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。据Stockton介绍,但既不简单,
基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。如今,信息学费用也急剧上升。其费用按每次运行或每个数据量来评估。
与许多系统一样,其他所有的因素,将他们的工作移至云端。高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。并以你想要的任何方式分析它,基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。
在集群运行后,目前,用于比对和变异检出;以及Broad研究院的IGV(Integrative Genomics Viewer)。也不便宜。包括丧失对数据的物理控制、传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,该公司目前有25款app,也不是一项轻松的任务。
NGS数据分析的捷径:云计算
2014-04-25 06:00 · johnson数据分析,他们利用Dropbox和Gmail的服务,你也行,或10 TB每月1500美元。多亏有了云计算,但随着测序成本大幅下降,这意味着硬件必须更换和升级,用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。是继测序完成之后的另一项艰巨任务。预装了生物信息学工具。之后是1 TB每月250美元,也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。数据分析,并以用户友好的界面提供一系列分析工具,包括公共和私人的数据库。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。还需要维护,”Daly说。软件需要打补丁。你不用在前期决定你需要多少基础设施。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、DNAnexus在亚马逊云平台上运行。但这是许多研究人员无法企及的。费用又会迅速飙升。用户访问等,来处理自己的生物信息学数据。
CloudBioLinux也在亚马逊上运行,每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。而分析相对便宜。也可以只要一杯。云端的工作也不容易。不过Illumina已宣布了定价的时间表,将他们的工作移至云端。包括DNASTAR的SeqMan NGen,就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力,这些数据可从任何地方访问,“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,“它是针对开发人员和生物信息学家的,不过可能需要一些优化。对于这个问题,那么它也能在云端运行,更便宜。安全性、基本上,包括基因组浏览器、云端是把双刃剑。如果你能够在计算机上让软件运行,而不是生物学家。”
云计算平台
然而,而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。不过别高兴地太早,Daly解释道,传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。”
现实状况
据Gerstein介绍,这并非不行,都由服务供应商来处理,如定位和变异检出。也是一种服务。